立法院預算中心發布2019年衛福部決算評估報告指出，去年衛福部及所屬單位，委託健保署代辦業務積欠款項合計達113億元，其中最大一筆是「愛滋病醫療費用」85億，形同國庫潛藏負債，建議衛福部應該想辦法盡速償還。

衛福部長陳時中於本月初參加「健保國是論壇」時曾表示，台灣健保現在是在「吃老本」，必須正視健保財務、調漲健保費等問題，才能維持醫療品質，確保台灣民眾健康。

預算中心報告中提到，衛福部及所屬單位，去年委託健保署代辦業務項目欠費，分別是衛福部「兒童牙齒塗氟」10.78億、疾病管制署「愛滋病醫療費用」84.84億，以及國民健康署「預防保健費用」17.37億，合計共112.99億。

該報告特別點名疾管署，並提到，近年通報愛滋感染人數減少，已見防治成效，但相關醫療費用負擔亦隨之增加，而且疾管署的欠款頗鉅，仍待籌措財源挹注。

報告也指出，衛福部委託健保署代辦業務，自2017至2019年，各年度欠費合計金額分別為160.2億、127.63億、112.99億，雖逐年減少，但金額仍龐鉅，建議衛福部將所積欠的健保醫療款項，盡速償還，以維護健保之財務健全。